Первоначально ФВО состоял из командования факультета и двух военных кафедр: тактико-специальной подготовки, автомобильной подготовки, в 2002 г. образована еще одна кафедра – войскового ремонта. Кроме того, для обеспечения учебно-воспитательного процесса на факультете организованы два отделения: учебной и тренировочной аппаратуры и отделение аттестования и планирования.
С 1 сентября 2008 года распоряжением правительства РФ №275-Р от 6.03.2008 г. и на основании приказа Министра обороны РФ №408 от 25.07.2008г. факультет военного обучения реорганизован в военную кафедру.
С 4 апреля 2014 г. в соответствии с приказом Министра Сельского хозяйства Российской Федерации от 20 мая 2013 г. № 216, на основании постановления Правительства Российской Федерации от 26 июля 2010 г. № 539 и приказа Министра Сельского хозяйства Российской Федерации от 4 апреля 2014 г. № 15-у военная кафедра МГАУ имени В.П.Горячкина» вошла структурным подразделением в состав федерального государственного бюджетного образовательного учреждения высшего профессионального образования «Российский государственный аграрный университет — МСХА имени К.А.Тимирязева».
С сентября 2014 г. в соответствии с Поручением Президента РФ от 13.02.2014 г. на военной кафедре РГАУ-МСХА имени Тимирязева, кроме офицеров запаса, начали готовить младших военных специалистов автомобильного профиля (солдат запаса).
С 01 сентября 2019 г. в соответствии с Распоряжением Правительства РФ от 13 марта 2019 г. № 427-р, Постановлением Правительства РФ от 03.07.2019 г. N 848 «Об утверждении Положения о военных учебных центрах при федеральных государственных образовательных организациях высшего образования и о признании утратившими силу некоторых актов Правительства Российской Федерации»и приказом ректора ФГБОУ ВО РГАУ – МСХА имени К.А.Тимирязева № 325 от 26 июня 2019 г. «О создании военного учебного центра» на базе военной кафедры создан военный учебный центр (ВУЦ).
Студенты, обучающиеся по программе подготовки офицеров запаса, учебный сбор проходили в учебном центре «Сельцы» Рязанского военного автомобильного училища, а с 2008 г. в Учебном центре «Сельцы» Рязанского гвардейского высшего воздушно-десантного командного училища. Студенты, обучающиеся по программе подготовки младших специалистов, учебный сбор проходят в в/ч 96624 (г. Калуга).
С 2020 г. все студенты проходят учебные сборы в в/ч 96624 (г. Калуга).